La copiii mici, în cazul unei anomalii hormonale, tratamentul poate consta în injecții de testosteron, a căror doză și regularitate sunt stabilite de medicul endocrinolog. Acest tratament bine urmat mărește dimensiunea penisului. Când micropenisul este cauzat de țesuturi ale penisului care sunt insensibile la testosteron, acest tratament hormonal nu are efect.

Cu cât micropenisul este detectat mai devreme, cu atât mai rapid este aplicat tratamentul, cu atât va fi mai eficient. Tratamentul poate fi necesar și în preajma pubertății. După pubertate, tratamentul hormonal nu mai este eficient deoarece țesuturile nu mai reacționează la fel.

Tratamentul chirurgical al micropenisului     

La vârsta adultă, când micropenisul nu a fost tratat sau când tratamentul nu a fost suficient de eficient, chirurgie este posibil. Cu toate acestea, nu prezintă întotdeauna rezultate convingătoare.

Secțiunea ligamentului suspensiv a penisului, care merge de la penis la pubis, poate fi oferit. Nu modifică în niciun fel penisul, ci îl detașează parțial de pubis, făcându-l să pară mai lung. Câștigul observat este de 1 până la 2 cm în stare flască și de 1,7 cm în erecție. Această prelungire este dobândită cu prețul unui penis erect instabil, deoarece este mai puțin bine atașat de pubis, ceea ce poate face penetrarea mai puțin ușoară.

THEinjectare autologă de grăsime presupune injectarea grăsimii subiectului sub pielea penisului său. Acest lucru nu prelungește penisul în niciun fel, ci îl face vizual mai gros. Doar o parte din grăsimea pusă la loc nu este absorbită de organism în timp (10 până la 50% în funcție de subiect). Resorbția poate fi neuniformă și poate duce la un aspect al penisului „rozariului”.

Micropenisul poate avea repercusiuni psihologice semnificative, mai ales în perioada adolescenței, important este ca persoana să fie ajutată și îndoielile sale luate în considerare.